انشئت العلاقات مؤخراً مع جمهورية لاتفيا في العام 2017م، وتساند إستونيا قضايا السودان بمجلس الأمن وكذلك فى الإتحاد الأوربي وتقف مع الحكومة الإنتقالية وأجندتها لتحقيق التحول والديمقراطي بالسودان.